正在調(diào)查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛(wèi)隊(duì)二尉有動(dòng)貴文（大澄賢也），遇到了突然出現(xiàn)的藍(lán)光，受發(fā)光體的影響，導(dǎo)致遺傳因子標(biāo)準(zhǔn)的變質(zhì)，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之后，他（THE ONE）從防衛(wèi)廳內(nèi)的特殊機(jī)關(guān)BCST（對(duì)生物工程學(xué)的研究機(jī)關(guān)）的監(jiān)視下逃走，從此就沒了音訓(xùn)。                                                                            　　另一方面，航空自衛(wèi)隊(duì)F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點(diǎn)時(shí)間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢(mèng)決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是the one事件后3個(gè)月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉(zhuǎn)職成為了民航機(jī)飛行員，展開了新生活。對(duì)這樣的真木還是有機(jī)關(guān)非常關(guān)注，尤其是BCST中的化學(xué)擔(dān)當(dāng)官水原沙羅，BCST將真木強(qiáng)制帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進(jìn)行身體上的監(jiān)視。此時(shí)行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THE ON...