影片承接第一集母親維尼卡懷上賽斯孩子的伏筆，當(dāng)她產(chǎn)下一枚蠅蛹時被當(dāng)場嚇?biāo)馈．?dāng)局的科研機(jī)關(guān)巴托工業(yè)園收養(yǎng)了蒼蠅之子馬丁·布朗多，由巴托工業(yè)的老總巴托先生撫養(yǎng)。巴托先生密切監(jiān)視著馬丁的一舉一動，表面上把馬丁視如己出，實(shí)則卻把他當(dāng)作研究對象，暗地里用攝像機(jī)記錄下他所有的生活過程，讓馬丁研究他父親生前的時空傳送裝置。馬丁看上去英俊帥氣，無異于常人，除了的驚人的生長速度和超人的天資才能。不久，馬丁就與美麗的貝斯·洛根墜入愛河?？呻[藏在馬丁體內(nèi)的變異染色體突然蘇醒，等待馬丁的是變成下一個“蒼蠅人”的恐怖噩耗。