《零度戰(zhàn)姬》第二季（又名：零度戰(zhàn)姬振動）故事圍繞在和襲擊人類的異次元體NOVA的戰(zhàn)斗中失去了姐姐青井和葉的少年和哉。青井和葉是傳奇中的潘多拉（能與NOVA作戰(zhàn)的少女），和哉為了繼承姐姐的遺志，進入了潘多拉的專門學校「杰尼提克斯」，并成為了「禁止接觸女王」莎堤萊薩·艾爾·布麗姬的制御者，從此他的生活便大大改變了。