曾經(jīng)，這個國家發(fā)生了一場由忍者們發(fā)起的大戰(zhàn)。幸存下來的甲賀、伊賀、風(fēng)魔、雜賀四個家族，各自擁有被認(rèn)為具有巨大力量的〈秘傳繪卷〉，以此維持彼此之間的平衡。時光流轉(zhuǎn)，現(xiàn)代。故事發(fā)生在一個普通的城市——甲賀市。人們已經(jīng)忘記了忍者的存在。甲賀忍者的〈咲耶〉是個忍者，卻總想引人注目！她和朋友〈涅姆〉、〈小蘭〉一起度過著“不做忍者”的日子。