戰(zhàn)姬絕唱故事講述過去被稱為融合癥例的少女，在世界行將終焉之際抓住了奇跡，完成了與永恒之槍Symphogear的適合。 以地球靈長(zhǎng)存續(xù)之名所執(zhí)行的人類淘汰人稱Frontier事變的一連串騷亂，在以歌連通血脈的少女們的活躍之下畫上了終止符，然而新的故事在那之后不久便拉開了帷幕。 將亞宇宙撕開一條弧線的超音速墜落物體。那是，在拉格朗日點(diǎn)的大氣圈外結(jié)束了活動(dòng)，準(zhǔn)備回歸地球的聯(lián)合國(guó)所屬的航天飛機(jī)。 航天飛機(jī)陷入系統(tǒng)故障引起的機(jī)能不全，這樣下去的話，機(jī)體空中分解或是撞擊地表將不可避免，面對(duì)這一緊急事態(tài)，各國(guó)領(lǐng)導(dǎo)只是在驚慌失措。 曾經(jīng)兩次將世界從前所未有的危機(jī)當(dāng)中拯救出來的Symphogear裝者們，由于其力量被視作日本政府保有的軍備，即使是人道的救護(hù)支援，在國(guó)外的活動(dòng)也無從實(shí)現(xiàn)，只得萬不得已地待機(jī)。 那之后經(jīng)過了100多天。 Frontier事變以來，被認(rèn)定的特異災(zāi)害Noise再未被觀測(cè)到，就在知道事件始末的人們都預(yù)感到Noise的根絕和受害的停止之時(shí)。 在本部觀測(cè)監(jiān)視器的藤堯朔也和友里葵，確認(rèn)到了與Noise不同、但近似的反應(yīng)波形。 地點(diǎn)是橫濱港大棧橋碼頭附近。 在那里，懷抱小小的盒子，如同逃跑一般奔馳的黑衣廢棄物11號(hào)（Elfnein）的身影被發(fā)現(xiàn)。 存在著，毀滅世界的歌曲。 現(xiàn)在，尚無人發(fā)覺即將來臨的威脅，在夏季的夜空下，有的只是舞動(dòng)的紅色粉塵。