延續(xù)前一集的劇情，獅子亞歷克斯、斑馬馬蒂、長頸鹿邁爾曼、河馬格洛里亞以及企鵝們，為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進行維修改造，并成功起飛。當(dāng)大家已經(jīng)開始慶祝終于可以回到紐約時，飛機卻意外降落，迫降到了非洲大草原上。在這兒，獅子亞歷克斯終于見到了它的父母。但是由于生活習(xí)性上太多不一樣，而且言行舉止各異，使得這群紐約來的動物們顯得格格不入。這群昔日紐約中央公園的動物明星們，在這野外艱難的環(huán)境中應(yīng)該怎么辦？雖然在這兒遇見了自己的同類，但因為習(xí)性不同，使得自己無法完全融入他們的群體。為了能融入環(huán)境，與同類們建立良好的關(guān)系，大家都是施展各種招式，笑料百出。